近期，?項由浙江省人民醫(yī)院俞云松教授和浙江大學(xué)附屬第?醫(yī)院周華教授領(lǐng)導(dǎo)的研究在《柳葉刀微生物》上發(fā)表，揭示了 COVID-19 疫情后的肺炎?原體流?情況。雖然疫情限制措施已經(jīng)解除，但中國的肺炎?原體相關(guān)流?病學(xué)數(shù)據(jù)和耐藥率數(shù)據(jù)仍然較少，主要因為這種病原體難以培養(yǎng)，而全基因組高通量測序的方法或可成為診斷肺炎支原體并獲得其流行病學(xué)與耐藥情況的重要技術(shù)手段。

研究背景

? 2023 年 10 ?中旬以來，中國北?地區(qū)（如北京和遼寧）的呼吸道疾病顯著增加，流感樣疾病病例數(shù)明顯?于過去三年。這?趨勢可能與呼吸道合胞病毒、流感病毒以及肺炎?原體等病原體的傳播有關(guān)。

研究方法

研究?員從 2021 年 7 ?? 2023 年 12 ?，收集了來?中國七個地區(qū)（包括?南、?北、中部、南部、東南、北部和東北）的 236 份肺炎?原體陽性呼吸樣本。這些樣本來? 106 名?童和 130 名成?。通過全基因組測序技術(shù)，并進?多位點序列分型（MLST）分析與核?基因組 MLST（cgMLST）的整合分析，對這些樣本中的肺炎?原體基因型及其分布情況進?深?研究。
主要發(fā)現(xiàn)

1. 基因型分布

在 91 份高覆蓋率樣本中可直接用于 MLST 分析，其中 ST3 型（69.23%）和 ST14 型（23.07%）是主要的肺炎?原體基因型，隨后是 ST7 型（7.69%）。整合核心基因組 MLST（cgMLST）分析結(jié)果后對 149 份樣本進行分析統(tǒng)計，其比例也大致相當(dāng)，前三位分別為 ST3 型（69.79%）、ST14 型（19.46%）和 ST7 型（8.72%）。

圖 1：杭州市兩家三甲醫(yī)院的肺炎?原體檢測陽性率趨勢圖

(A)?浙江?學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第?醫(yī)院的肺炎?原體 IgM 和 PCR 檢測陽性率。數(shù)據(jù)顯示，從 2022 年? 2023 年，這兩種檢測?法的陽性率均顯著上升。

(B)?浙江省??醫(yī)院的肺炎?原體 IgM 檢測陽性率。這?數(shù)據(jù)同樣顯示出陽性率的明顯上升趨勢，進?步驗證了肺炎?原體感染病例的增加。

2.耐藥性分析

在 236 份樣本中，168 份樣本具有?夠的測序數(shù)據(jù)?于耐藥性突變分析。23S rRNA 基因中與?環(huán)內(nèi)酯類抗?素耐藥相關(guān)的突變率為 88.10%，其中 A2063G 是最常?的突變（n=148）。不同地區(qū)和 ST 型別的 23S rRNA V 區(qū)的突變率有所不同，ST3 型和 ST14 型的突變率分別為 100% 和 96.6%，? ST7 型在中國南部地區(qū)未發(fā)現(xiàn)耐藥突變。

圖 2：中國?陸不同地區(qū)肺炎?原體克隆的分布

(A)?各地區(qū)不同 ST 型的肺炎?原體分布情況。研究顯示，ST3 型和 ST14 型在多個地區(qū)均有分布，而 ST7 型主要集中在南?地區(qū)。

(B)?不同 ST 型肺炎?原體分布的示意地圖。地圖直觀展示了不同地區(qū)肺炎?原體 ST 型的地理分布，幫助識別流?病學(xué)模式。

3.耐藥突變分布

不同 ST 型和地區(qū)的 23S rRNA A2063G 突變分布。研究顯示，ST3 型和 ST14 型的菌株多存在 A2063G 突變，? ST7 型菌株未發(fā)現(xiàn)此突變。

圖 3：?23S rRNA A2063G 突變的分布。圖中點表示菌株，綠?表示野?型，紅?表示 A2063G 突變，灰?和 “-” 表示測序質(zhì)量不?以進?分型和突變分析。

4. 系統(tǒng)發(fā)育分析

系統(tǒng)發(fā)育樹揭示了中國主要流?的肺炎?原體克隆與全球流?克隆之間的進化關(guān)系。系統(tǒng)發(fā)育樹包括本研究中的肺炎?原體菌株及全球流?克隆的參考基因組，展示了這些菌株的進化關(guān)系和遺傳多樣性。

圖 4：系統(tǒng)發(fā)育樹

包括本研究中的肺炎?原體菌株及全球流?克隆的參考基因組，展示了這些菌株的進化關(guān)系和遺傳多樣性。

結(jié)論

研究表明，隨著 COVID-19 限制措施的放松，肺炎?原體可能在中國引發(fā)了疫情爆發(fā)，且?環(huán)內(nèi)酯類耐藥的肺炎?原體在全國范圍內(nèi)傳播。高通量全基因組測序在流?病學(xué)監(jiān)測和診斷中展現(xiàn)了重要價值。

研究支持

該研究得到中國科技部重點研發(fā)計劃、浙江省先鋒研究發(fā)展項?及浙江省科技廳重點研究項目的資助。

這項研究提供了中國當(dāng)前肺炎支原體流行的重要信息，幫助我們更好地理解和控制這種疾病。希望公眾提?警惕，注意防護，共同應(yīng)對。