媒體專訪 | 感染病原基因檢測有多快?13 小時,還能更快!

近日,杭州市余杭區(qū)融媒體【蹲點百企換新力】欄目記者對杰毅生物進(jìn)行了專訪,以下為 “看余杭” 新聞報道。

鸚鵡熱,一種曾經(jīng)被定義為罕見病的感染性疾病,這兩年逐漸被大眾熟知,并被廣泛科普。記者來到位于良渚生命科技小鎮(zhèn)的杭州杰毅生物技術(shù)有限公司(以下簡稱 “杰毅生物”)時,檢測人員正在對剛從醫(yī)院取回來的標(biāo)本進(jìn)行檢測。
“杰毅生物” 針對鸚鵡熱全新研發(fā)出來的一款靶向檢測試劑盒,即將在今年年底拿到三類醫(yī)療器械注冊證。對于疑似社區(qū)獲得性肺炎且有禽類接觸史的不明原因發(fā)熱患者來說,用鸚鵡熱試劑盒做一個簡單的檢測,就能夠在 2 小時內(nèi)輕松排查是否存在鸚鵡熱隱患。這一曾經(jīng)在臨床上極難被判斷的感染性疾病,就這樣輕松找到了解決方式。
說它難判斷,原因有二。客觀上來說,鸚鵡熱的病原體難以在體外成功培養(yǎng),對于臨床醫(yī)生而言,很難借助培養(yǎng)實驗判斷患者是否感染的是鸚鵡熱;主觀上來說,不少患者很難判斷自己是否有禽類接觸史,鸚鵡熱衣原體可通過空氣或氣溶膠傳播,從實際病例來看,即便只是與鴿子糞共處一室,都有感染風(fēng)險。
研發(fā)強(qiáng)針對性的靶向檢測試劑盒,杰毅生物用到的是熒光定量 PCR 這一核酸檢測金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)。但選取哪些病原體作為檢測靶標(biāo),可不是拍拍腦袋就做決定,而是基于 “杰毅生物” 過去幾年積累的龐大的病原體基因檢測大數(shù)據(jù)。
作為國內(nèi)最早一批接觸高通量測序(NGS)的研究人員,“杰毅生物” 創(chuàng)始人王珺在 2019 年成立企業(yè)時,就將 “讓每位感染患者第一時間得到精準(zhǔn)診療” 作為企業(yè)愿景?!案腥拘约膊∈且活惙浅3R姷劳雎示痈卟幌碌募膊?,有時從感染到死亡僅僅幾天甚至幾個小時。以往我們的治療非常依賴醫(yī)生的經(jīng)驗,但在面對一些無法進(jìn)行體外培養(yǎng)或培養(yǎng)時間很長、培養(yǎng)成功率很低的病原體時,無論是花費大量的時間去培養(yǎng)還是憑經(jīng)驗使用抗生素,本質(zhì)上都是在拼概率。一般培養(yǎng)病原體需要 3-4 天,醫(yī)生嘗試各種抗生素也需要一定周期來看效果,往往病原體還沒培養(yǎng)出來或是還沒找到合適的抗生素,患者已經(jīng)錯過了最佳治療時機(jī)?!?說起曾經(jīng)在臨床見到的一個個鮮活案例,王珺的語氣中充滿了嘆息。
在王珺看來,治療感染性疾病是在與死神搶時間,不能靠猜,更不能等,唯一的解法是,精準(zhǔn)、快速地找到病原體!于是,一套針對病原體高通量測序的 NGS 流水線式自動化全流程解決方案應(yīng)運而生。
“通過這套設(shè)備,從標(biāo)本到報告,僅需 13 個小時就能得出所有核酸結(jié)果,且檢出陽性率達(dá)到 90% 以上。‘杰毅’ 的病原 NGS 檢測在過去幾年已經(jīng)累計做了 40 萬人份,醫(yī)生拿到報告知道患者的感染源是什么,就能立馬切換治療方案,進(jìn)行精準(zhǔn)治療?!?王珺說。
目前,“杰毅生物” 通過自動化、人工智能等技術(shù)極大提高了病原 NGS 檢測時效性,13 小時的速度也已經(jīng)領(lǐng)跑行業(yè)。但在王珺看來,這個速度還不夠快?!癐CU 中有一種膿毒性休克,搶救時效僅有黃金 6 小時。超過 6 小時后,每晚一個小時,死亡率上升 6.6%?!?王珺說,“面對爭分奪秒的感染性疾病,公司成立之初就在不斷精進(jìn)自動化技術(shù)水平,招聘的第一個員工就是做自動化的。經(jīng)過自研技術(shù)的不斷升級和打磨,相信不久的將來,病原 NGS 檢測時間有望實現(xiàn)從 13 小時到 6-7 小時的飛躍?!?/section>
當(dāng)然,要實現(xiàn)病原體的快速鑒定,檢測實驗是一部分,精準(zhǔn)識別病原體是另一部分?!敖芤闵铩?擁有包含 35000 余種病原體的龐大數(shù)據(jù)庫,幾乎覆蓋人類目前已知的所有致病的病原體的基因組序列;同時,早在 2019 年企業(yè)就與阿里達(dá)摩院展開合作,用人工智能進(jìn)行快速計算,可以做到幾十 G 的數(shù)據(jù)在測序結(jié)束十分鐘內(nèi)全部完成分析?;诖?,檢測完成后生成的測序數(shù)據(jù)才能在極短時間內(nèi)生成病原體檢測報告。
公司多年來持續(xù)投入升級病原 NGS 檢測解決方案,除了幫助感染患者之余,王珺還有更深層的考量:“每一次檢測都會累計一次數(shù)據(jù),通過一次次分子檢測,病原譜將越來越龐大且精準(zhǔn)。一來,正如我們發(fā)現(xiàn)鸚鵡熱近年來越來越高發(fā),并非罕見病,基于病原譜,我們可以研發(fā)各種靶向試劑盒;二來,隨著檢測的常態(tài)化,通過數(shù)據(jù)走勢更能預(yù)判流行病可能在什么時候發(fā)生;此外,測序可以精準(zhǔn)了解每一個病原體的基因組序列,以此為基礎(chǔ)可以知道病原體的來源及耐藥信息。我相信這幾點在未來都將對醫(yī)學(xué)發(fā)展帶來很大的幫助。”

來源|看余杭

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