滿分！杰毅滿分通過 NCCL 中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染 mNGS 室間質(zhì)評

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最近，國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心（NCCL）公布了 2023 年全國中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染宏基因組高通量測序室間質(zhì)量評價預(yù)研活動結(jié)果。杰毅生物旗下杭州杰毅醫(yī)學(xué)檢驗實驗室、重慶基拯醫(yī)學(xué)檢驗所 2 家醫(yī)學(xué)檢驗實驗室，以及基于杰毅 Q-mNGS?檢測技術(shù)平臺的多家醫(yī)療機構(gòu)均以滿分成績順利通過本次室間質(zhì)評！

腦脊液 mNGS 已經(jīng)成為 CNS 感染病原學(xué)鑒定的重要實用技術(shù)。本次國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心組織的全國中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染宏基因組高通量測序室間質(zhì)量評價預(yù)研活動，從檢測分析敏感性、特異性等多個方面考核了國內(nèi) mNGS 實驗室檢測常規(guī)腦脊液標(biāo)本中病原微生物的能力。

圖 1. 實驗室成績分布

基于評分方法，本次提交有效結(jié)果的 127 家實驗室所得成績分布如下：100 分的實驗室 45 家，90~99 分（含 90 分的實驗室 60 家，低于 90 分（不含 90 分）的實驗室 22 家。按照≥90 分為合格的標(biāo)準(zhǔn)，合格率為 82.7%（105/127）。

杰毅生物專注病原 NGS 領(lǐng)域，面對中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染病原多樣，診斷困難等挑戰(zhàn)，自研打造了高效破壁技術(shù)，提升結(jié)核分枝桿菌、真菌等難破壁微生物的檢出率。采用正向廣譜富集顯著提升檢測靈敏度與時效性，PCR-free 建庫等技術(shù)降低背景微生物污染風(fēng)險?；谛袠I(yè)領(lǐng)先的病原微生物基因數(shù)據(jù)庫，mNGS 檢測覆蓋 35257 種病原體、60 種耐藥基因和 78 種毒力基因，在 13 小時內(nèi)完成相對定量檢測，實現(xiàn)中樞神經(jīng)系統(tǒng)感染病原體精準(zhǔn)鑒別。

依托精準(zhǔn)化、智能化和自動化的 Q-mNGS 宏基因組檢測解決方案和嚴(yán)格的質(zhì)量管理體系，杰毅旗下醫(yī)學(xué)檢驗實驗室在過去 3 年連續(xù)多次以優(yōu)異成績通過全國血液微生物 cfDNA mNGS 室間質(zhì)評、全國下呼吸道感染 mNGS 室間質(zhì)評等國家衛(wèi)生健康委臨檢中心發(fā)起的多項室間質(zhì)評活動，彰顯出高度標(biāo)準(zhǔn)化的 mNGS 檢測能力和穩(wěn)定成熟的實驗室管理水平。在本次 NCCL 室間質(zhì)評的指導(dǎo)下，杰毅將持續(xù)推動更規(guī)范地開展腦脊液 mNGS 并解讀檢測結(jié)果，提升 mNGS 在 CNS 感染中應(yīng)用的精準(zhǔn)性。

會議快訊 | 杰毅 NGS 流水線全流程方案亮相全國病原高通量測序臨床規(guī)范化應(yīng)用培訓(xùn)班

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為保證 NGS 檢測臨床應(yīng)用的有效性，要求實驗室在 NGS 的方法學(xué)建立 (自建檢測)、性能確認(rèn)以及質(zhì)量保證各環(huán)節(jié)中必須規(guī)范化和標(biāo)準(zhǔn)化，中國醫(yī)學(xué)裝備協(xié)會基因檢測分會于 2024 年 5 月 23~26 日在福建廈門市成功舉辦了 “第二期全國病原體高通量測序臨床規(guī)范化應(yīng)用培訓(xùn)研討班”。

本次培訓(xùn)班采用了培訓(xùn)+研討的模式，中國醫(yī)學(xué)裝備協(xié)會基因檢測分會會長、國家衛(wèi)健委臨檢中心首席專家李金明教授團隊，多位全國知名醫(yī)院病原 NGS 應(yīng)用專家以及來自全國各地病原體 NGS 方法建立和質(zhì)量管理負(fù)責(zé)人深度參與了本次高水平、高規(guī)格的學(xué)術(shù)活動。杰毅生物攜 NGS 流水線全流程方案參與本次會議，其中新升級的自動化建庫方案因其 “流水線自動化式” 建庫的設(shè)計理念吸引了多家醫(yī)院檢驗科專家的關(guān)注。

會議期間，我們與全國各地 NGS 檢驗領(lǐng)域的專家老師們進(jìn)行了深度的交流，學(xué)習(xí)并探討 NGS 院內(nèi)應(yīng)用方法學(xué)建立的要領(lǐng)，交流實驗全流程標(biāo)準(zhǔn)化的實踐經(jīng)驗，認(rèn)真聆聽來自病原 NGS 一線用戶的真實需求和期望，從而進(jìn)一步提升產(chǎn)品和交付體系，努力推進(jìn)病原 NGS 應(yīng)用標(biāo)準(zhǔn)化的提升。

三度蟬聯(lián)，杰毅生物再登《杭州獨角獸與準(zhǔn)獨角獸企業(yè)》榜單

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2024 年 4 月 24 日下午，由民建中央、中國科協(xié)指導(dǎo)，民建浙江省委會、中國投資發(fā)展促進(jìn)會聯(lián)合辦的第八屆萬物生長大會在杭州舉辦。會上，杭州市創(chuàng)業(yè)投資協(xié)會聯(lián)合微鏈共同發(fā)布了 《2024 杭州獨角獸&準(zhǔn)獨角獸企業(yè)》榜單。杰毅生物自 2022 年起連續(xù)三年榮登杭州準(zhǔn)獨角獸企業(yè)榜單，為杭州這座活力之城持續(xù)注入醫(yī)療健康的創(chuàng)新力量。

據(jù)悉，截至 2024 年 4 月，杭州共有 43 家獨角獸企業(yè)（估值不低于 10 億美元），準(zhǔn)獨角獸企業(yè) 382 家（估值不低于 1 億美元）。其中 “專精特新” 企業(yè)與準(zhǔn)獨角獸和獨角獸企業(yè)群體高度重合，具有高成長性和強創(chuàng)新能力。

杭州杰毅生物技術(shù)有限公司是一家專注于感染性疾病分子診斷的高新技術(shù)企業(yè)。公司聚焦感染疾病精準(zhǔn)診療領(lǐng)域，布局高通量測序（NGS）和基因編輯（CRISPR/Cas）兩大前沿技術(shù)平臺，擁有 100 多項發(fā)明專利等自主知識產(chǎn)權(quán)，搭建起了多層次，高品質(zhì)的產(chǎn)品線及服務(wù)體系。

自成立起，杰毅生物在學(xué)術(shù)科研、產(chǎn)品開發(fā)和應(yīng)用等方面持續(xù)加大投入，深耕分子檢測自動化、數(shù)字化、智能化的創(chuàng)新技術(shù)，構(gòu)建起了新質(zhì)生產(chǎn)力，推出了覆蓋普通感染、中重度感染、急危重癥及復(fù)雜感染等全場景化的創(chuàng)新分子診斷整體解決方案，與全國多家醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)建立起了緊密合作關(guān)系。公司于 2023 年被認(rèn)定為國家級專精特新 “小巨人” 企業(yè)、杭州市余杭區(qū)準(zhǔn)獨角獸企業(yè)，浙江省級高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)中心等。
杰毅生物將秉承 “讓每位感染患者第一時間得到精準(zhǔn)診療” 的愿景，堅持價值創(chuàng)新鍛造企業(yè)競爭力，引領(lǐng)醫(yī)療健康行業(yè)高質(zhì)量發(fā)展。

病原宏基因組高通量測序臨床本地化檢測規(guī)范專家共識

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中國藥師協(xié)會, 中華醫(yī)學(xué)會細(xì)菌感染與耐藥防治分會, 國家衛(wèi)生健康委臨床抗微生物藥物敏感性折點研究和標(biāo)準(zhǔn)制定專家委員會.

DOI:10.3760/cma.j.cn112150-20230720-00019

實驗室自建檢測（laboratory developed test，LDT）是指實驗室自行研發(fā)、確認(rèn)，僅限于本實驗室使用的檢測技術(shù) ［1］。近年來，隨著檢測技術(shù)的創(chuàng)新和發(fā)展，一些前沿技術(shù)如基因測序、質(zhì)譜分析和流式細(xì)胞術(shù)等快速從基礎(chǔ)研究向臨床轉(zhuǎn)化，并展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。美國已將體外診斷（in vitro diagnostics，IVD）新技術(shù)納入 LDT 模式管理 ［2］。我國 2016 年《國家衛(wèi)生計生委辦公廳關(guān)于臨床檢驗項目管理有關(guān)問題的通知》提出，對于未列入《醫(yī)療機構(gòu)臨床檢驗項目目錄》，但臨床意義明確、特異性和敏感性較好、價格效益合理的臨床檢驗項目，應(yīng)當(dāng)及時論證，滿足臨床需求 ［3］。2021 年國家藥品監(jiān)督管理局發(fā)布的《醫(yī)療器械監(jiān)督管理條例》中指出，對國內(nèi)尚無同品種產(chǎn)品上市的體外診斷試劑，符合條件的醫(yī)療機構(gòu)根據(jù)本單位的臨床需要，可以自行研制，在執(zhí)業(yè)醫(yī)師指導(dǎo)下在本單位內(nèi)使用 ［4］。宏基因組高通量測序技術(shù)（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）可以不基于假設(shè)、無偏倚地檢測疑似感染患者標(biāo)本中的病原微生物，擴大病原體檢測種類，縮短檢測時間，提供可用于患者診斷、制定治療方案的關(guān)鍵信息，有效提升感染性疾病的診療水平，助力抗菌藥物合理應(yīng)用 ［5］。mNGS 還有助于解決新發(fā)、罕見、疑難病原體的漏檢問題 ［6,7,8,9］。但 mNGS 覆蓋病原體種類多、臨床驗證難度大、驗證周期長，使得常規(guī) IVD 產(chǎn)品注冊較為困難。為滿足臨床需要，本共識將在實驗室符合國家相關(guān)政策法規(guī)以及保證檢測方法性能可靠的前提下如何在本地開展 mNGS 檢測提出具體指導(dǎo)意見。

01 mNGS 實驗室建設(shè)基本要求
Basic requirements for the construction of mNGS laboratory
實驗室結(jié)構(gòu)布局和環(huán)境條件
mNGS 在實驗環(huán)節(jié)中根據(jù)是否使用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（polymerase chain reaction，PCR）構(gòu)建文庫，可分為 PCR 建庫與 PCR-free 建庫兩大類型，兩者在實驗室空間要求上有所差異。PCR 建庫中采用通用引物對文庫核酸分子進(jìn)行擴增，核酸產(chǎn)物濃度較高，對產(chǎn)物的后續(xù)操作（加熱、震蕩、離心、混勻、移液）可能產(chǎn)生氣溶膠，易造成實驗室環(huán)境和其他文庫的污染，從而產(chǎn)生假陽性結(jié)果。因此，基于 PCR 建庫的 mNGS 實驗室宜參照《醫(yī)療機構(gòu)臨床基因擴增管理辦法》［10］ 相關(guān)要求，在符合 PCR 要求的實驗室中開展，防止核酸擴增產(chǎn)物造成的實驗室污染。

基于 PCR-free 建庫的 mNGS 實驗可在同一個空間內(nèi)設(shè)置試劑準(zhǔn)備區(qū)、標(biāo)本處理區(qū)（配備生物安全柜）和建庫測序區(qū)（PCR-free 建庫、文庫純化、等量混合、上機測序）。PCR-free 文庫濃度可能低于 Qubit 熒光定量儀的檢測限，建議使用熒光定量 PCR（quantitative polymerase chain reaction，qPCR）方法進(jìn)行文庫濃度測定。雖然基于 PCR-free 建庫的 mNGS 實驗在文庫定量前實驗操作不存在 PCR 擴增建庫所帶來的氣溶膠風(fēng)險，但仍然需要警惕人員操作等帶來的氣溶膠污染可能性，并在一個相對獨立的空間進(jìn)行 qPCR 法文庫濃度測定。

生物安全防護
mNGS 所檢測的微生物涉及范圍廣泛，實驗操作應(yīng)該在具備至少生物安全二級（biosafety level 2，BSL-2）資質(zhì)的實驗室中進(jìn)行，并按照生物安全相關(guān)要求進(jìn)行操作。如果處理可疑高致病性病原體的標(biāo)本，須滿足更高要求的行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范的要求 ［11］。

設(shè)備設(shè)施
mNGS 實驗設(shè)備和器材應(yīng)能滿足濕實驗、干實驗和質(zhì)量控制需求。由于 mNGS 相較傳統(tǒng) PCR 有更高的病原體覆蓋范圍和防污染要求，在保證實驗質(zhì)量的前提下優(yōu)先采用經(jīng)性能確認(rèn)的封閉式自動化設(shè)備代替部分人工操作，有利于避免實驗過程中來自操作人員和實驗室環(huán)境中的微生物或其核酸造成的污染。

人員配置
根據(jù)每天處理的標(biāo)本數(shù)量，實驗室應(yīng)配備具有相應(yīng)專業(yè)背景并能滿足需要的工作人員，包括：

（1）濕實驗應(yīng)由具備分子生物學(xué)檢驗專業(yè)技能的人員，如分子生物學(xué)檢驗專業(yè)檢驗技師操作；

（2）干實驗需要配備生物信息研發(fā)及管理人員，以保證分析流程、持續(xù)更新、性能確認(rèn)、維護及管理 ［12］；

（3）結(jié)果審核應(yīng)配備具有臨床感染病學(xué)相關(guān)知識的微生物檢驗醫(yī)師。針對疑難報告，建議成立 mNGS 報告解讀團隊，由具備臨床感染病學(xué)、臨床微生物檢驗學(xué)、臨床分子生物學(xué)、生物信息學(xué)等相關(guān)專業(yè)知識的人員組成。所有人員均須通過崗位相關(guān)的培訓(xùn)和考核，并進(jìn)行定期能力評估方能上崗。

方法學(xué)選擇
實驗室在正式開展實驗前應(yīng)對 mNGS 的全流程檢測方法進(jìn)行選擇和性能確認(rèn)，特別對影響檢測結(jié)果的核心要素，包括但不限于標(biāo)本核酸提取方法、是否去宿主核酸以及去宿主核酸方法、是否富集微生物核酸以及富集方法、建庫方法、測序方法、最小測序數(shù)據(jù)量確認(rèn)、生物信息分析算法、數(shù)據(jù)庫選擇、背景核酸識別方法、新發(fā)病原體識別方法等，以滿足方法符合率、交叉反應(yīng)、精密度、準(zhǔn)確度、檢出限、抗干擾能力（如針對高人源標(biāo)本）、穩(wěn)定性等性能參數(shù)的要求。實驗室要進(jìn)行嚴(yán)格的篩選和充分的數(shù)據(jù)驗證，以求得到最佳的臨床檢測效能。經(jīng)確認(rèn)的檢測方法和實驗參數(shù)需要進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)文件化管理，并由實驗室的技術(shù)質(zhì)量負(fù)責(zé)人和項目負(fù)責(zé)人共同確認(rèn)后實施。項目負(fù)責(zé)人負(fù)責(zé) mNGS 項目的立項、研究、驗證、制備等運行管理工作，技術(shù)質(zhì)量負(fù)責(zé)人負(fù)責(zé) mNGS 項目的研究、質(zhì)量管理體系的建立和運行、產(chǎn)品放行等工作。方法學(xué)參數(shù)如有變更需進(jìn)行驗證后再應(yīng)用于臨床標(biāo)本檢測。

02 濕實驗流程搭建
Construction of wet experiment process
濕實驗流程是指對待測標(biāo)本進(jìn)行前處理、核酸提取、文庫構(gòu)建、高通量測序，以獲得核酸測序數(shù)據(jù)的實驗室操作環(huán)節(jié)。濕實驗流程按操作方式分為手工操作和自動化操作。在引進(jìn)自動化設(shè)備時需要使用與之配套兼容的濕實驗試劑和流程，經(jīng)性能確認(rèn)合格后使用。根據(jù)檢測病原體核酸的類型，實驗室可分別建立脫氧核糖核酸（deoxyribonucleic acid，DNA）和核糖核酸（ribonucleic acid，RNA）濕實驗流程。

標(biāo)本前處理
為提高 mNGS 檢測的敏感性，可考慮在標(biāo)本前處理過程中對病原體或其核酸進(jìn)行富集，可選擇正向富集法與反向富集法兩類。正向富集法以 PCR 富集和探針捕獲為代表，屬于核酸提取后的富集方式。反向富集法即去宿主技術(shù)，包括差速離心、差異化裂解、甲基化抗體處理等流程 ［13］。病原核酸富集需要結(jié)合標(biāo)本類型、項目預(yù)期用途綜合考慮檢測性能、成本、操作時效性以及對目標(biāo)病原體可能造成的損失和偏好性，在開展性能確認(rèn)后再予以使用。

核酸提取
核酸提取分為核酸釋放與純化兩個主要步驟。核酸釋放方法包括物理法（機械研磨、超聲破碎等）、化學(xué)法（十六烷基三乙基溴化銨法或十二烷基磺酸鈉法等）、酶裂解法等，不同方法的核酸釋放效果有差異。實驗室需要綜合考慮不同方法對不同病原體核酸的釋放效果，尋找最佳平衡點保障核酸提取的效率。以物理釋放法為例，破壁強度的提升能提高胞內(nèi)菌和真菌等病原體的裂解效率和核酸得率，但可能會破壞病毒核酸和游離 DNA（cell-free DNA，cfDNA）［14］。在使用物理方法時，破壁時長（循環(huán)次數(shù)）、破壁強度以及微珠材質(zhì)和粒徑都是應(yīng)考慮的因素。為提升釋放效果，可采取物理、化學(xué)、酶解等多方法聯(lián)合使用。在物理破壁完成后，增加十二烷基硫酸鈉和蛋白酶 K 的孵育，可達(dá)到充分裂解、釋放核酸的目的 ［15］。核酸純化一般采用磁珠法或柱法兩種 ［16］，建議對純化后的核酸濃度、純度進(jìn)行測試以滿足后續(xù)建庫的要求。

核酸提取和純化若使用手工操作，應(yīng)考慮不同標(biāo)本類型的差異、不同核酸提取試劑盒的提取效率、純度以及片段大小等因素；若使用自動化核酸提取儀系統(tǒng)，需要綜合考慮檢測通量、自動化程度、成本、核酸質(zhì)量等因素。

文庫構(gòu)建
DNA 文庫構(gòu)建主要分為 TA 連接法建庫與轉(zhuǎn)座酶建庫。RNA 文庫構(gòu)建與 DNA 相比，最主要的差異在于逆轉(zhuǎn)錄步驟，在保證建庫穩(wěn)定性的前提下可考慮去除人核糖體 RNA（占總 RNA 比例約 85%~90%）以提高 RNA 病毒的檢測敏感性。建庫方法可分為手工法建庫和儀器自動化建庫，實驗室在選擇方法前需對核心技術(shù)環(huán)節(jié)（如標(biāo)簽、接頭的連接）質(zhì)量進(jìn)行評估，主要質(zhì)量指標(biāo)包括單/雙標(biāo)簽測序，連接效率等。此外還應(yīng)考察建庫前核酸投入量的下限和上限，確保取得的文庫在核酸插入片段的大小分布上滿足所使用的高通量測序儀、測序模式和讀長，以及后續(xù)生信分析對片段大小的要求（常見要求為插入片段 50~500bp，主峰集中在±100bp），以避免過度片段化或片段化不足的情況。

高通量測序
測序儀與配套試劑、耗材通常為封閉一體化設(shè)計。實驗室按照所選購設(shè)備的操作說明書進(jìn)行相關(guān)操作。在選擇測序儀時，要綜合考慮兼容性、測序通量、測序時間、堿基判定的準(zhǔn)確性、成本等因素。為降低標(biāo)簽跳躍帶來的假陽性，宜使用雙標(biāo)簽測序模式。

03
干實驗流程搭建
Construction of dry experiment process
干實驗流程是指對測序數(shù)據(jù)進(jìn)行生物信息學(xué)分析及結(jié)果審核和報告的過程。

搭建模式、數(shù)據(jù)存儲與傳輸
mNGS 生物信息分析涉及算法、軟件和數(shù)據(jù)庫，需要基于臨床預(yù)期用途及可能的日常檢測標(biāo)本量計算所需要的服務(wù)器性能，保證下機數(shù)據(jù)能夠在預(yù)期時間內(nèi)完成分析。如有條件，建議實驗室優(yōu)先使用本地服務(wù)器進(jìn)行數(shù)據(jù)的存儲和管理，數(shù)據(jù)存儲、訪問、下載、分析等均應(yīng)符合國家對醫(yī)學(xué)數(shù)據(jù)管理的要求。若選擇云端分析系統(tǒng) ［17］，由于測序數(shù)據(jù)中含有患者的遺傳信息，需要與服務(wù)提供商針對數(shù)據(jù)訪問、使用、披露、中止、修改的權(quán)限與機密性達(dá)成書面協(xié)議 ［18］。實驗室必須確定數(shù)據(jù)存儲的數(shù)量、媒介、位置和儲存時限，數(shù)據(jù)的傳輸過程中應(yīng)設(shè)置只讀訪問，防止被篡改。

干實驗流程搭建步驟與建議
原始數(shù)據(jù)的存儲與傳輸

實驗室應(yīng)確定原始測序數(shù)據(jù)及 FASTQ 文件在服務(wù)器上存儲的位置，并明確具備唯一標(biāo)識的統(tǒng)一命名，便于數(shù)據(jù)調(diào)用與快速分類查找。文件命名建議包含數(shù)據(jù)檢測/分析日期、檢測實驗室名稱、標(biāo)本類型、測序批次、唯一的標(biāo)本編碼等。命名規(guī)則一旦確定不得隨意改動。

數(shù)據(jù)預(yù)處理

實驗室可通過 FASTQC［19］ 和 MultiQC［20］ 等軟件查看測序數(shù)據(jù)質(zhì)量、總數(shù)據(jù)量、堿基質(zhì)量值（Q20 和 Q30）等，結(jié)合測序芯片泳道上生成的簇密度設(shè)置質(zhì)控點（如簇密度是否偏離有效范圍，堿基識別質(zhì)量值≥Q30 的數(shù)據(jù)比例是否偏低）判斷本批次數(shù)據(jù)能否用于后續(xù)分析。數(shù)據(jù)過濾規(guī)則可根據(jù)實驗室對 mNGS 檢測的敏感性和特異性需求進(jìn)行調(diào)整，建議設(shè)置 Q30 堿基數(shù)量占比>75%、有效序列長度不小于 50bp、含 N 堿基比例小于 10% 等參數(shù)閾值。

過濾宿主序列

為了提高微生物數(shù)據(jù)的分析時效性，需要去除測序數(shù)據(jù)中的宿主序列，通常方法是把比對到人類基因組的序列進(jìn)行過濾。真菌和寄生蟲與人類的基因組序列有一定的同源性，在過濾宿主序列的過程中需要評估運行時間、去除效率與非特異性去除（非人源序列而被錯誤過濾）的序列比例。

物種注釋

物種注釋是病原宏基因組檢測最核心的內(nèi)容之一，主要是將通過質(zhì)量控制的非宿主序列與微生物參考數(shù)據(jù)庫比對，或者經(jīng)過從頭組裝成 contigs/scaffolds 后再比對到微生物參考數(shù)據(jù)庫，確定在特定序列相似性閾值（如≥97%）下的物種分類級別。物種注釋的準(zhǔn)確性取決于所選注釋工具的敏感性和特異性、算法閾值的合理性、參考數(shù)據(jù)庫的完整性及其納入微生物基因組的準(zhǔn)確性 ［12］。目前可用的注釋工具分為三類：

（1）DNA-to-DNA 比對工具；

（2）DNA-to-Protein 比對工具；

（3）基于特征標(biāo)記基因的比對工具。有研究表明，利用相同的模擬數(shù)據(jù)集測試不同的宏基因組學(xué)分類工具，發(fā)現(xiàn)不同的分類工具識別的物種數(shù)量可能相差 3 個數(shù)量級以上 ［21］。在 mNGS 中，DNA-to-DNA 工具往往比 DNA-to-Protein 工具能夠更好地進(jìn)行物種分類 ［22］，但 DNA-to-Protein 工具在識別新發(fā)和高度可變的基因序列時敏感性更高 ［23］。而在以注重物種豐度的微生物組學(xué)分析中，則推薦使用基于特征標(biāo)記基因的比對工具 ［24］。

總之，實驗室在選擇物種注釋工具時，應(yīng)基于檢測的預(yù)期用途，從運行速度、準(zhǔn)確率、精確率、召回率等維度評估性能 ［17］。實驗室可使用近緣物種的基因序列對分析軟件的物種注釋功能進(jìn)行評估，另外在數(shù)據(jù)庫或分析算法有變更時，以及定期對本實驗室的 mNGS 物種/基因注釋功能進(jìn)行評估。

參考數(shù)據(jù)庫

微生物參考數(shù)據(jù)庫的選擇顯著影響物種注釋分類的結(jié)果 ［25,26］?！逗昊蚪M測序病原微生物檢測生物信息學(xué)分析規(guī)范化管理專家共識》［17］ 中對 mNGS 常用微生物數(shù)據(jù)庫的特征有較為詳細(xì)的描述。目前沒有任何一個公共數(shù)據(jù)庫能夠包含所有的潛在人類病原體的基因組信息（假陰性風(fēng)險），且數(shù)據(jù)庫中不可避免地存在一些注釋錯誤或污染的序列（假陽性風(fēng)險）［27］。因此在構(gòu)建、使用和管理這類數(shù)據(jù)庫時需要重點關(guān)注以下問題：

（1）充分評估數(shù)據(jù)庫的全面性以及納入物種在分類學(xué)上的代表性。同一微生物，往往具有遺傳差異的不同亞型或株，在選擇基因組時，應(yīng)該考慮到微生物的遺傳多樣性，盡可能多地納入不同亞型或株的高質(zhì)量基因組；

（2）無論所選參考基因組的來源如何，實驗室都需要通過重測序或其他技術(shù)手段確認(rèn)其注釋的準(zhǔn)確性，序列的完整性，避免納入錯誤注釋、命名錯誤或代表性不足的微生物序列；

（3）病原體（尤其是 RNA 病毒）在自然狀態(tài)下是不斷發(fā)生變異的，所以需要及時（或定期）對參考數(shù)據(jù)庫中的基因組信息進(jìn)行更新及驗證 ［28,29］，更新的頻率取決于實驗室或臨床的需求，以及序列在公共數(shù)據(jù)庫中的上傳或更新時間 ［28］；發(fā)生可能影響結(jié)果的數(shù)據(jù)庫修改、替換及更新等活動均需要重新進(jìn)行評估；建議實驗室每年對微生物數(shù)據(jù)庫進(jìn)行審核，必要時隨時進(jìn)行更新。但是對于使用本地化服務(wù)器的實驗室，構(gòu)建的數(shù)據(jù)庫大小需要權(quán)衡服務(wù)器的計算能力以及報告的時效性要求。

讀長歸一化

mNGS 檢測到的微生物常以讀長數(shù)作為結(jié)果，但它受測序量、標(biāo)本質(zhì)量等因素的影響，并且同張芯片不同文庫分配的下機數(shù)據(jù)量會有波動，所以有必要對讀長進(jìn)行歸一化處理 ［30］。建議將每百萬測序讀長中匹配到某一微生物基因組的特異讀長（reads per million，RPM）作為歸一化指標(biāo) ［30］。如果希望比較不同微生物在同一文庫中的讀長，則還需考慮微生物基因組大小不同帶來的差異（理論上，在相同條件下，基因組越長，測得的讀長越多），建議通過計算每百萬測序量下每一千個堿基的基因組長度的歸一化讀長來消除這種影響 ［28］。需要注意，由于 mNGS 檢測原理不同于 qPCR，RPM 不能作為微生物核酸的定量指標(biāo)。

版本控制

由于缺乏標(biāo)準(zhǔn)的 mNGS 生物信息學(xué)分析方案，各實驗室自建分析流程內(nèi)部使用的分析軟件與數(shù)據(jù)庫處在不斷更新、確認(rèn)及完善的動態(tài)過程中。為了保證每批次臨床標(biāo)本結(jié)果的可溯源性及可重復(fù)性，實驗室需要明確每一次測試所使用的軟件及數(shù)據(jù)庫的版本，建議在報告單中體現(xiàn)，至少應(yīng)包括分析日期、軟件名稱和版本號、對每個組成工具及算法的用戶自定義參數(shù)和系統(tǒng)默認(rèn)值等 ［28］，可使用版本管理工具如 Conda 完成 ［31］。此外，可使用流程管理工具如 Snakemake 和 Nextflow 等對整個工具集進(jìn)行版本控制。

04
mNGS 的性能確認(rèn)
Performance confirmation of mNGS
干實驗的性能確認(rèn)
當(dāng)生物信息學(xué)分析流程建立后，需對其進(jìn)行性能確認(rèn) ［16］，可以通過三類數(shù)據(jù)集進(jìn)行：

（1）臨床標(biāo)本測序數(shù)據(jù)集：注釋充分、特征明確的臨床標(biāo)本測序數(shù)據(jù)（FASTQ 或其他格式）［32］；

（2）計算機模擬測序數(shù)據(jù)：利用序列模擬軟件模擬生成測序數(shù)據(jù)集 ［16,33］，要求既要具有與真實測序數(shù)據(jù)質(zhì)量相同/相似的技術(shù)參數(shù)（文庫片段長度分布、測序模式、測序錯誤類型及頻率、測序質(zhì)量值、測序深度等）［16,34］，也要盡可能對臨床標(biāo)本的背景成分信息如宿主核酸、微生物和試劑背景核酸等進(jìn)行模擬；

（3）組合數(shù)據(jù)集：利用序列模擬軟件定量模擬一種或多種目標(biāo)病原體的測序數(shù)據(jù)，然后將模擬序列添加到目標(biāo)病原體陰性標(biāo)本的真實測序數(shù)據(jù)中，形成接近臨床標(biāo)本的模擬數(shù)據(jù)集 ［16］。

利用上述數(shù)據(jù)開展性能確認(rèn)，確定干實驗流程的主要性能指標(biāo)，包括準(zhǔn)確率、精確率、召回率和 F1-Score（即精確度和召回率的調(diào)和平均值）等 ［28,35］。如果在比對過程中出現(xiàn)寄生蟲的假陽性結(jié)果（寄生蟲為真核生物，與宿主序列相似度較高，且部分寄生蟲基因組數(shù)據(jù)中存在人源序列的污染），需要考慮設(shè)置更高的陽性匯報閾值或者對相應(yīng)寄生蟲的基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行清洗。常見的寄生蟲匯報閾值為與陰性對照相比 RPM 達(dá)到 10 倍以上，基因組數(shù)據(jù)清洗常采用把目標(biāo)寄生蟲基因組單獨與人基因組比對并去除高度同源的序列 ［36］。

全流程的性能確認(rèn)
確認(rèn) mNGS 濕實驗和干實驗全流程對病原體的檢測能力是否能夠達(dá)到臨床預(yù)期用途。在全流程性能確認(rèn)中至少應(yīng)包括革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、分枝桿菌、絲狀真菌、酵母菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生蟲，同時應(yīng)關(guān)注胞內(nèi)菌和難破壁的病原微生物。

性能確認(rèn)參數(shù)
可參考《分子診斷檢驗程序性能驗證指南》［37］、《臨床微生物培養(yǎng)、鑒定和藥敏檢測系統(tǒng)的性能驗證》［38］、《病原宏基因組高通量測序性能確認(rèn)方案》［35］ 等，建議實驗室 mNGS 檢測系統(tǒng)應(yīng)對方法符合率、交叉反應(yīng)、精密度、準(zhǔn)確度、檢出限、抗干擾能力（如針對高人源標(biāo)本）、穩(wěn)定性等性能參數(shù)進(jìn)行確認(rèn)。

樣品盤的制備
樣品盤要包含模擬參考品和已知病原檢測結(jié)果的真實臨床標(biāo)本。樣品盤的設(shè)置應(yīng)嚴(yán)格遵循臨床預(yù)期用途所涉及的標(biāo)本類型，所含微生物應(yīng)有代表性，盡可能覆蓋預(yù)期用途中的病原體。標(biāo)準(zhǔn)微生物菌株可以選用 ATCC 或 CMCC 菌株等。應(yīng)根據(jù)不同標(biāo)本類型來合理地設(shè)置模擬參考品中的人源細(xì)胞濃度（如支氣管肺泡灌洗液的人源細(xì)胞濃度中位數(shù)為 105cells/ml）。模擬參考品中應(yīng)至少包含革蘭陽性菌、革蘭陰性菌、絲狀真菌、酵母菌、分枝桿菌、DNA 病毒、RNA 病毒、寄生蟲共 8 類病原微生物。在制備模擬參考品前，針對所有待投入微生物進(jìn)行最低檢出限（limit of detection，LoD）研究并確認(rèn)是否能滿足預(yù)期用途中對檢測性能的要求，模擬參考品示例見表 1，D1-1 的微生物投入濃度為 LoD 的 5 倍，可作為弱陽性參考品進(jìn)行準(zhǔn)確度、精密度、穩(wěn)定性等參數(shù)的確認(rèn)，D1-2 的微生物投入濃度為 LoD 濃度，可作為準(zhǔn)確度、精密度、抗干擾能力等參數(shù)的確認(rèn)。

表 1 模擬參考品示例

注：人源細(xì)胞濃度 1×10 5 cells/ml

方法符合率
使用已在國家藥品監(jiān)督管理局備案并批準(zhǔn)上市的商品化實時熒光定量 PCR 試劑盒、數(shù)字 PCR 試劑盒或臨床金標(biāo)準(zhǔn)（微生物培養(yǎng)鑒定、病理染色等）作為參比方法，必要時可使用一代測序作為參比。選取陰性標(biāo)本 5 例，陽性標(biāo)本 5 例。按照標(biāo)本檢測程序與參比方法平行檢測，計算方法符合率。

交叉反應(yīng)
選取同屬內(nèi)近源物種，例如屎腸球菌和糞腸球菌、白念珠菌和熱帶念珠菌、紋帶棒桿菌和白喉棒桿菌等，將其分別按照一定濃度比例進(jìn)行混合測序，統(tǒng)計近源物種的檢出情況、讀長比例、相對豐度比例與預(yù)期是否一致（示例見表 1，D2 參考品）。

精密度
  • 批內(nèi)精密度：將上述參考品在同一時間內(nèi)用相同批次試劑完成 3 個全流程重復(fù)，分析批次內(nèi)結(jié)果重復(fù)性。
  • 批間精密度：用不同批次的試劑分別將上述參考品在 3 個工作日內(nèi)完成各 3 個全流程重復(fù)，分析批次間重復(fù)性。
  • 可接受標(biāo)準(zhǔn)：對陽性標(biāo)本，分析結(jié)果是指通過生信流程得到的檢出病原中包括該參考品中的病原體，則記為正確結(jié)果，否則為錯誤結(jié)果。結(jié)果一致的實驗數(shù)占全部實驗數(shù)比例高于 95%，判斷為可接受。
準(zhǔn)確度
采用參考品（模擬參考品）和真實臨床標(biāo)本進(jìn)行比對。在真實臨床標(biāo)本選擇上，應(yīng)綜合病原體分離培養(yǎng)、患者的影像學(xué)檢查結(jié)果、基于宿主反應(yīng)的檢測結(jié)果以及靶向治療后患者的臨床表現(xiàn)等綜合評價。

  • 樣本選擇：全流程檢測不少于 20 例標(biāo)本，包括 6 例陽性參考品（每例模擬混合參考品包含不少于 4 種微生物），14 例臨床標(biāo)本（不少于 10 例培養(yǎng)陽性）。分析檢測結(jié)果與已知參考品的內(nèi)含微生物以及臨床綜合判斷結(jié)果是否一致，對于結(jié)果不一致的使用 qPCR 或者送至另一穩(wěn)定運行的 mNGS 實驗室進(jìn)行差異檢驗。
  • 可接受標(biāo)準(zhǔn)：20 例標(biāo)本中物種準(zhǔn)確性≥90%，則驗證通過。對于臨床標(biāo)本，金標(biāo)準(zhǔn)方法和結(jié)合臨床信息綜合判定的病原體在 mNGS 檢測結(jié)果列表之中可判定為符合。
檢出限
mNGS 的檢出限受宿主細(xì)胞濃度、核酸提取效率、病原體種類等多種因素影響，建議以待測標(biāo)本類型中宿主細(xì)胞的中位數(shù)濃度對病原體檢出限進(jìn)行評估，以 95% 的重復(fù)均能檢測到某一病原體的最低濃度為檢出限。

  • 濃度選擇：使用陽性參考品梯度稀釋至擬定的檢出限濃度，可重復(fù)測定 5 次或在不同批內(nèi)對該濃度標(biāo)本進(jìn)行 20 次重復(fù)測定（如測定 5d，每天測定 4 份標(biāo)本）?？筛鶕?jù)情況選用稀釋液或陰性標(biāo)本，該稀釋液不得含有被驗證的目標(biāo)病原體。
  • 判斷標(biāo)準(zhǔn)：如果是 5 次重復(fù)檢測，必須全部檢出靶核酸；如果是 20 次檢測，必須檢出至少 19 次（95% 檢出率）靶核酸。
穩(wěn)定性
  • 實驗過程：將投入 5~10 倍 LoD 病原體的臨床模擬標(biāo)本，在 4℃、-20℃冰箱分別保存 1、4、7d，在-80℃冰箱分別凍融 1 和 2 次，評估對檢測結(jié)果的影響。
  • 可接受標(biāo)準(zhǔn)：所有重復(fù)均檢出目標(biāo)病原體。
抗干擾性
在投入 3~5 倍 LoD 病原體的臨床模擬標(biāo)本中分別額外加入更高濃度（比如 106cells/ml、107cells/ml）的宿主細(xì)胞，每份標(biāo)本重復(fù) 2~3 次，以弱陽性參考品無法檢出時的內(nèi)參 RPM 值作為閾值。當(dāng)進(jìn)行臨床報告解讀時，若內(nèi)參 RPM 低于閾值，需警惕假陰性。

05
臨床診斷性能評價
Clinical diagnostic performance evaluation
在完成 mNGS 的分析性能確認(rèn)后，需要使用真實標(biāo)本進(jìn)行臨床檢測效能評估 ［39］。臨床有效性包含敏感性和特異性。敏感性是指參考方法檢測結(jié)果為陽性的標(biāo)本中，mNGS 得到相同陽性結(jié)果的比例 ［40］。敏感性低則意味著會出現(xiàn)較多漏檢（假陰性）。特異性指參考方法檢測結(jié)果為陰性的標(biāo)本中，mNGS 得到相同陰性結(jié)果的比例，特異性低則意味著會出現(xiàn)較多假陽性結(jié)果。參考方法包含微生物培養(yǎng)、病理檢測、免疫學(xué)檢測、PCR、一代測序等。

臨床檢測性能評價主要采用觀察性研究。觀察性研究中通過評價 mNGS 檢測結(jié)果與臨床其他參考方法結(jié)果的一致性，確認(rèn)敏感性和特異性。研究應(yīng)遵循《世界醫(yī)學(xué)大會赫爾辛基宣言》的倫理準(zhǔn)則和國家涉及人的生物醫(yī)學(xué)研究倫理的相關(guān)要求，應(yīng)當(dāng)經(jīng)倫理委員會審查并同意。標(biāo)本量與預(yù)期用途、評價指標(biāo)等多種因素相關(guān)。標(biāo)本量估算通常是基于統(tǒng)計學(xué)要求的最低標(biāo)本量估計 ［41］。值得注意的是，在評價某些罕見的病原體，陽性病例的數(shù)量有限，可以引用文獻(xiàn)報道的臨床敏感性和特異性作為理論支撐 ［42］。實驗室可采用 “代表性病原體” 進(jìn)行臨床診斷性能評價 ［43,44,45］，比如根據(jù)臨床預(yù)期用途選擇不同類型的常見的病原體 ［43］，以期為同類病原體提供參考和借鑒。近年來已發(fā)表數(shù)篇基于腦脊液、呼吸道標(biāo)本、血漿等標(biāo)本類型的 mNGS 檢測流程和臨床性能確認(rèn)的研究可供實驗方案參考 ［16,25,36,46,47］。

06
mNGS 的質(zhì)量管理
Quality management of mNGS
mNGS 質(zhì)量管理的目的是規(guī)范分析前、分析中和分析后三個階段質(zhì)量控制，確保 mNGS 檢測報告的質(zhì)量。

分析前質(zhì)量控制
分析前質(zhì)量控制涉及標(biāo)本采集和送檢流程，標(biāo)本前處理流程，試劑耗材的批次、分裝、儲存時間以及設(shè)備的維護等環(huán)節(jié)，需對上述環(huán)節(jié)設(shè)置質(zhì)控點進(jìn)行監(jiān)控?；诖?，應(yīng)建立標(biāo)本采集與送檢流程以明確標(biāo)本選擇、采集時機和方式、容器/耗材、標(biāo)本量、送檢單填寫規(guī)則、運送保存條件、拒收標(biāo)準(zhǔn)等，以減少環(huán)境和人體定植微生物或其核酸污染，同時考慮標(biāo)本保存運輸?shù)姆€(wěn)定性 ［6］；應(yīng)建立臨床標(biāo)本的標(biāo)準(zhǔn)化前處理程序，對標(biāo)本性狀（比如澄清、黏稠、帶血、漏液等）和運輸容器/時長/溫度等建立明確的接收和拒收標(biāo)準(zhǔn)；應(yīng)建立試劑、耗材的批次、分裝、儲存時間以及設(shè)備的維護等流程質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)，以保障關(guān)鍵試劑（比如片段化酶、連接酶、聚合酶等）和關(guān)鍵設(shè)備（比如核酸提取儀、PCR 儀、建庫儀、測序儀等）的穩(wěn)定性和有效性。

分析中質(zhì)量控制
分析中質(zhì)量控制涉及核酸提取、文庫建立、測序生信分析等眾多環(huán)節(jié)。涉及的質(zhì)控點包括：核酸濃度、純度、完整性等；建庫前核酸投入量下限與上限、文庫核酸濃度、純度、片段大小分布；文庫有效數(shù)據(jù)量、Q30 值、接頭比例、內(nèi)參序列（人工合成雙鏈 DNA 序列或使用噬菌體，與待測病原體基因組沒有同源性）的檢出等。需要建立：核酸提取的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)；文庫質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)；測序數(shù)據(jù)質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn) ［48］；明確室內(nèi)質(zhì)控（陰性、陽性質(zhì)控品）的在控和失控標(biāo)準(zhǔn)，每次測序需要包括陰性和陽性質(zhì)控品。質(zhì)控品作為患者標(biāo)本的類似物或替代品，完全按照真實標(biāo)本的檢測流程進(jìn)行操作。不建議用純水或磷酸鹽緩沖液等不含人源細(xì)胞/核酸的標(biāo)本作為陰性對照，因為此類低核酸濃度標(biāo)本會造成建庫失敗或背景微生物序列的過度放大而影響其作為背景監(jiān)測和陽性判斷閾值參考的作用?？梢愿鶕?jù)待測標(biāo)本類型的人源細(xì)胞/核酸濃度的分布和中位數(shù)設(shè)置陰性對照標(biāo)本的人源含量。陽性質(zhì)控品可以根據(jù)分析性能確認(rèn)的數(shù)據(jù)，在人源細(xì)胞基質(zhì)（可與陰性對照標(biāo)本濃度保持一致）中投入 3~5 倍 LoD（弱陽性）的不同類型的滅活微生物來制備 ［16］，不建議使用質(zhì)粒作為陽性質(zhì)控品。

分析后質(zhì)量控制
分析后質(zhì)控涉及報告周轉(zhuǎn)時間、陽性率/陰性率、室內(nèi)質(zhì)控失敗率、報告修改率、與臨床診斷的一致率、復(fù)測率、取消測試數(shù)等數(shù)據(jù)的記錄、統(tǒng)計和分析，對異常記錄提供糾正措施以不斷改進(jìn)和優(yōu)化流程，并審查所有與檢測相關(guān)的文檔 ［49］。此外，各實驗室應(yīng)定期進(jìn)行室間質(zhì)評或能力驗證，在檢測流程有重大調(diào)整，或更換核心試劑耗材時需要再次進(jìn)行性能確認(rèn)。國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心已開展多次 mNGS 室間質(zhì)評預(yù)研，建議實驗室積極參加此類質(zhì)量評價活動，發(fā)現(xiàn)結(jié)果不符應(yīng)立即查找原因，及時整改。

07
mNGS 推薦使用的人群、時機和疾病
Recommended population, timing, and disease for mNGS use
mNGS 推薦使用的人群
重癥感染患者尤其是重要臟器衰竭，甚至多器官功能衰竭患者。常規(guī)檢測的同時，或在常規(guī)檢測未得到病原學(xué)證據(jù)時獲取符合檢測要求的合格標(biāo)本進(jìn)行 mNGS 檢測 ［14,36,50,51,52,53,54,55］；高度疑似復(fù)雜感染，病原學(xué)診斷未明確且常規(guī)抗感染治療無效患者，建議進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測的同時開展 mNGS 檢測 ［43,56］；慢性感染，慢性疾病難以除外感染，抗感染療效不佳需要明確病因患者，在完善常規(guī)檢測的基礎(chǔ)上開展 mNGS 檢測 ［57］；免疫缺陷患者感染，因為易發(fā)生機會致病菌感染和混合感染，而且感染病原體復(fù)雜多樣 ［58］，考慮應(yīng)用常規(guī)技術(shù)檢測的同時，或在其基礎(chǔ)上開展 mNGS 檢測；不明原因發(fā)熱患者，考慮感染或不除外感染，規(guī)范性經(jīng)驗抗感染治療無效，考慮應(yīng)用常規(guī)技術(shù)檢測的同時，或在其基礎(chǔ)上開展 mNGS 檢測。

mNGS 推薦使用的時機
  • 盡早使用：危急重癥感染或局部感染不及時處理則后果嚴(yán)重，恐危及生命時，應(yīng)在常規(guī)病原檢測基礎(chǔ)上，盡早使用 mNGS 檢測輔助明確病原體 ［43,59］；特殊病原體感染，存在群體性感染事件風(fēng)險，應(yīng)在開展常規(guī)快速檢測的同時，盡早使用 mNGS 檢測輔助明確病原體。
  • 在治療過程中使用：高度疑似感染性疾病，但傳統(tǒng)微生物檢測反復(fù)陰性且治療效果不佳時，考慮在完善常規(guī)病原學(xué)檢測的同時或在其基礎(chǔ)上開展 mNGS 檢測；傳統(tǒng)病原學(xué)檢測的結(jié)果不能解釋臨床表現(xiàn)的全貌或/和抗感染治療的反應(yīng)，懷疑同時存在其他病原感染時，考慮在進(jìn)一步完善更多病原學(xué)檢測的同時或在其基礎(chǔ)上開展 mNGS 檢測；特殊患者如免疫抑制、器官移植術(shù)后、反復(fù)住院、合并基礎(chǔ)疾病，疑似繼發(fā)感染、新發(fā)感染時，考慮常規(guī)病原學(xué)檢測的同時或在其基礎(chǔ)上開展 mNGS 檢測 ［60,61］。
  • 擇期使用：表現(xiàn)為慢性或局部感染，或慢性疾病不除外感染，在嘗試常規(guī)病原學(xué)檢查未能明確致病源或/和規(guī)范性經(jīng)驗抗感染治療無效時，建議在進(jìn)一步完善常規(guī)病原學(xué)檢測的基礎(chǔ)上，與患者充分溝通后擇期使用 mNGS 檢測輔助明確病原體 ［51］。
08
mNGS 標(biāo)本的選擇及采集
Selection and Collection of mNGS Specimens
mNGS 檢測可對標(biāo)本中所有核酸進(jìn)行檢測，不同標(biāo)本中人源核酸含量不盡相同，人源核酸含量越多，對結(jié)果的干擾越大 ［62］。目前臨床對 mNGS 檢測的要求認(rèn)識不充分，標(biāo)本的選擇、采集和運送缺乏統(tǒng)一的規(guī)范和要求。

mNGS 檢測技術(shù)幾乎適用于所有類型的臨床標(biāo)本，標(biāo)本的選擇須結(jié)合患者情況、流行病學(xué)、病原體特性、受累器官及感染部位等狀況綜合考慮。懷疑高致病性、新發(fā)或突發(fā)傳染病原微生物時，標(biāo)本運送須經(jīng)相關(guān)部門批準(zhǔn)，嚴(yán)格按照《人間傳染的病原微生物目錄》［63］ 的危害程度分類及國際民用航空組織《危險品航空安全運輸技術(shù)細(xì)則》［64］ 的分類包裝及轉(zhuǎn)運要求運輸標(biāo)本，如通過其他交通工具運輸也應(yīng)參照以上述標(biāo)準(zhǔn) ［65］。臨床常見標(biāo)本的選擇見表 2。

表 2 mNGS 檢測的臨床標(biāo)本類型

從無菌部位采集標(biāo)本，應(yīng)嚴(yán)格執(zhí)行無菌操作，避免污染。從有菌部位采集標(biāo)本，應(yīng)采取相應(yīng)防污染措施，避免定植或污染菌對結(jié)果的干擾。標(biāo)本采集后應(yīng)使用無菌、無核酸污染、帶蓋的專用容器，采集后封口膜密封，識別碼標(biāo)記，及時（建議 2h 內(nèi)）送檢。臨床在送檢時盡可能提供詳細(xì)的臨床信息（如患者流行病學(xué)史、感染癥狀體征、疑似感染灶、疑似病原體、影像學(xué)/病理學(xué)證據(jù)等）供實驗室人員綜合參考以便于測序數(shù)據(jù)的正確解讀。標(biāo)本運輸過程中須防污染、防震蕩，使用冷鏈系統(tǒng)轉(zhuǎn)運。

09
報告解讀
Report Interpretation
mNGS 檢出法定傳染病及烈性傳染病病原的處置
傳染病病原名單建議

法定傳染病病原體：包括《傳染病防治法》規(guī)定的各類傳染病病原體。病原體種類應(yīng)根據(jù)國家相關(guān)法律法規(guī)的修正進(jìn)行及時調(diào)整。其他烈性傳染病病原體：建議參考《人間傳染的病原微生物目錄》中對高致病性病原體的相關(guān)定義。

復(fù)核驗證流程

建議根據(jù)國家規(guī)定和驗證需求將標(biāo)本在有資質(zhì)的實驗室內(nèi)進(jìn)行分離培養(yǎng)、特異基因片段檢測、特異性抗原抗體檢測等方法復(fù)核。如沒有剩余標(biāo)本，應(yīng)在做好生物安全防護的情況下進(jìn)行臨床重新采樣，應(yīng)用傳染病診斷標(biāo)準(zhǔn)中規(guī)定的實驗室診斷技術(shù)進(jìn)行病原檢測，基于病原檢測結(jié)果，結(jié)合臨床癥狀、流行病學(xué)史，依據(jù)現(xiàn)行傳染病診斷標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行診斷。

傳染病病原體處置建議

如患者被診斷為傳染病的，按照《傳染病防治法》等法律法規(guī)規(guī)定的流程上報疾控部門，并且對患者、標(biāo)本等進(jìn)行規(guī)范的處置。應(yīng)按要求將剩余標(biāo)本或重新采集標(biāo)本送上級部門進(jìn)行確認(rèn)，并上報患者情況，同時做好必要的患者隔離措施和相關(guān)治療工作。

疑似新發(fā)病原體處置建議

若檢出疑似新發(fā)病原體，應(yīng)立即組織專家開展研判，尤其當(dāng)疑似新病原體的序列與已知的烈性或者高傳染性病原體序列相似，或者短時間內(nèi)從≥2 例流行病學(xué)相關(guān)患者中檢出疑似新病原體時，應(yīng)立即上報有關(guān)部門。

報告解讀的邏輯
病原體物種解讀

檢出法定傳染病及烈性傳染病病原，尤其是當(dāng)檢出甲類傳染病（鼠疫、霍亂）以及部分傳染性較強、危害較大的乙類傳染?。ㄈ鐐魅拘苑堑湫头窝?、脊髓灰質(zhì)炎、人類高致病性禽流感、炭疽等）病原體，應(yīng)立即對下機數(shù)據(jù)的質(zhì)量，特別是比對到烈性傳染病的特異性序列的準(zhǔn)確性、讀長數(shù)、基因組覆蓋度等數(shù)據(jù)進(jìn)行嚴(yán)格核實，確認(rèn)可排除背景核酸污染以及特異性序列比對無誤的前提下，同時啟動標(biāo)本復(fù)核程序。當(dāng)從標(biāo)本中檢出明確可導(dǎo)致感染且能排除污染、定植微生物和背景核酸時，應(yīng)報告高度懷疑該病原菌為引起感染的病原菌。患者無菌部位標(biāo)本如血液和腦脊液標(biāo)本中檢出可疑病原菌，在無其他感染病原證據(jù)且能排除污染、定植微生物和背景核酸時，應(yīng)報告為可疑致病微生物。從開放性腔道如呼吸道或可能存在皮膚定植菌污染部位的標(biāo)本中檢出條件致病微生物時應(yīng)結(jié)合序列數(shù)、文庫濃度、患者臨床病史信息、感染相關(guān)指標(biāo)，會同多學(xué)科專家進(jìn)行討論明確是否為責(zé)任病原體。報告單中應(yīng)至少包含檢出的病原微生物種屬名稱、唯一比對的讀長數(shù)、相對豐度和室內(nèi)質(zhì)控數(shù)據(jù)，以及對術(shù)語、技術(shù)參數(shù)和病原微生物的注釋。mNGS 報告中的病原體物種名稱應(yīng)標(biāo)注標(biāo)準(zhǔn)的中英文名稱，部分可參考的網(wǎng)站包括細(xì)菌網(wǎng)站 https：//lpsn.dsmz.de/和真菌網(wǎng)站 https：//www.mycobank.org 等。

耐藥/毒力基因解讀

通過耐藥/毒力基因預(yù)測病原菌對抗菌藥物的敏感性以及病原體的致病力，可為臨床的抗感染治療提供參考依據(jù)。但需要注意的是，不是所有的耐藥/毒力基因存在即表達(dá)，可能存在基因型和表型不一致的情況；部分導(dǎo)致耐藥/致病的機制尚無法通過檢測基因來明確；目前對于耐藥/毒力基因的物種歸屬分析技術(shù)尚未完善。因此，應(yīng)謹(jǐn)慎開展以耐藥/毒力基因來預(yù)測病原微生物耐藥性和致病力。對于實驗室可開展常規(guī)藥敏試驗檢測病原菌對抗菌藥物敏感性結(jié)果的藥物，不宜以耐藥基因結(jié)果進(jìn)行預(yù)測，應(yīng)以表型法藥敏試驗結(jié)果為準(zhǔn)。

10
LDT 項目備案與管理
LDT project filing and management
目前，mNGS 的國內(nèi) LDT 模式還未形成系統(tǒng)性的管理規(guī)范，在具體的檢測技術(shù)層面上存在標(biāo)準(zhǔn)化程度低、檢測結(jié)果差異大、質(zhì)量控制體系不完善等問題。2021 年 6 月發(fā)布的《醫(yī)療器械監(jiān)督管理條例》第五十三條為 LDT 模式的合規(guī)化開展提供了法理依據(jù)，在實操層面，國家重點支持推進(jìn) LDT，2023 年 1 月國家藥監(jiān)管理部門及衛(wèi)生主管部門聯(lián)合印發(fā)關(guān)于 LDT 試點工作的通知，對于自行研制使用體外診斷試劑的試點醫(yī)院資質(zhì)、試劑制備要求、質(zhì)量管理等重點方面作出了相應(yīng)的監(jiān)管要求，建議符合條件開展 LDT 項目的醫(yī)療機構(gòu)，密切關(guān)注立法及監(jiān)管最新動態(tài)，按相關(guān)法規(guī)進(jìn)行申報、備案和管理。

執(zhí)筆人：

楊啟文（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科）；馬筱玲（中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科）；張建中（中國疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所）；李軼（河南省人民醫(yī)院檢驗科）；吳文娟（上海市東方醫(yī)院檢驗科）；楊繼勇（解放軍總醫(yī)院檢驗科）；韓東升（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院檢驗科）；李家斌（安徽醫(yī)科大第一附屬醫(yī)院感染科）；羅燕萍（解放軍總醫(yī)院檢驗科）；周華（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院呼吸科）；谷麗（首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京朝陽醫(yī)院感染科）；張西京（空軍軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科）；李敏（上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟醫(yī)院檢驗科）；單斌（昆明醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科）；胡付品（復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院抗生素研究所）；劉正印（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院感染科）；周海健（中國疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所）

主要審稿專家（按姓氏首字母順序排列）：

陳德昌（上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科）；馮四洲（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院血液科）；顧兵（廣東省人民醫(yī)院檢驗科）；胡繼紅（國家衛(wèi)生健康委員會臨床檢驗中心）；劉曉琳（國家衛(wèi)生健康委員會合理用藥專家委員會）；孫自鏞（華中科技大學(xué)附屬同濟醫(yī)院檢驗科）；施毅（南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬金陵醫(yī)院呼吸科）；王明貴（復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院抗生素研究所）；王佳偉（首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科）；徐英春（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科）；肖永紅（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院感染科）；俞云松（浙江省人民醫(yī)院感染科）；張耀華（中國藥師協(xié)會）；鄭磊（南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院檢驗科）；鄭波（北京大學(xué)第一醫(yī)院感染科）；卓超（廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院感染科）；周鐵麗（溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科）

參考文獻(xiàn)：略

中國首部 NGS 自動化與常規(guī)化專家共識發(fā)布，杰毅生物參與起草

/分類 /撰自

近日，《中國生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)報》刊登了由康熙雄教授領(lǐng)銜，29 位產(chǎn)學(xué)研專家成員參與編寫的《臨床下一代測序的自動化與常規(guī)化專家共識》。這是我國在臨床 NGS 自動化領(lǐng)域首個專家共識，杰毅生物作為產(chǎn)業(yè)代表參與共識編寫。

為了更好地加速 NGS 技術(shù)在臨床中的應(yīng)用，進(jìn)一步擴大應(yīng)用范圍，本共識從技術(shù)、流程及產(chǎn)品角度著重探討臨床 NGS 常規(guī)化與自動化的建設(shè)路徑， 包括如下要點（文末附共識原文鏈接，歡迎查看）:

1 .規(guī)范化采樣

所指樣本包括體液（血液、痰液和胸腹水等）、組織（腫瘤組織，病原組織等）和表皮拭子。規(guī)范化采樣包括：１）根據(jù)采樣方式分為自動化采樣和人工采樣；２）依據(jù)采樣地點分為院內(nèi)采樣和院外采樣（居家和社會 s 采樣點等）。
共識 1
規(guī)范化采樣是臨床 NGS 常規(guī)化的基礎(chǔ)，實現(xiàn)自動化采樣是重點，是持續(xù)降低采樣時間和成本并提高用戶體驗的手段。目前，居家自采樣僅適用于表皮拭子和唾液采集；院內(nèi)采樣建議培訓(xùn)專們的醫(yī)生、護士或遺傳咨詢師進(jìn)行樣本的規(guī)范采集、保存轉(zhuǎn)運以及人類遺傳資源的合規(guī)管理等操作。

2.自動化核酸提取純化和建庫

核酸提取純化和建庫是臨床基因檢測流程中自動化較為成熟的環(huán)節(jié)之一。自動化核酸提取純化和建庫一體化設(shè)備將成為主流，在病原體 mNGS 建庫方面，杰毅生物的 NGSmaster?系統(tǒng)具有代表性。
共識 2
目前核酸提取純化和建庫的自動化程度已相對較高，未來需進(jìn)一步提高其便捷度和降低操作周期，以及進(jìn)一步提高在質(zhì)檢、雜交和洗脫試劑及耗材準(zhǔn)備等方面的自動化水平，提高一體化程度并拓展適用范圍，進(jìn)一步將臨床基因檢測各環(huán)節(jié)有機整合。?同時，還需要在不同建庫流程間構(gòu)建一致性評判標(biāo)準(zhǔn)。Master2

杰毅生物 NGSmaster?全自動一站式建庫儀

3.更靈活的基因測序系統(tǒng)

NGS 發(fā)展十余年以來，自動化和集成化的程度不斷提高，未來自動化程度的進(jìn)一步提升有賴于有機整合核酸提取、純化和建庫等相關(guān)流程，并減少自動化和集成化系統(tǒng)中冗余體積和死體積帶來的成本浪費。
共識 3
臨床 NGS 應(yīng)用實現(xiàn)常規(guī)化，亟需更靈活的基因測序系統(tǒng)，包括靈活的通量、更低的起始量、更短的檢測周期以及不同工作流程模塊的集成。同時，測序儀與自動化核酸提取純化和建庫設(shè)備的有機整合是未來臨床 NGS 常規(guī)化的趨勢和必備的硬件基礎(chǔ)設(shè)施。

4.生物信息分析自動化及參考數(shù)據(jù)庫建設(shè)

實現(xiàn)臨床生物信息處理的自動化，應(yīng)逐步考慮實現(xiàn)對疾病信息、檢測對象和檢測試劑盒進(jìn)行分類、分級和分層。在大力推動生物信息分析自動化及其云平臺化的同時，也要注重保護數(shù)據(jù)的安全性、真實性和有效性。
共識 4
生物信息分析自動化需建立不同樣本類型及分析場景的規(guī)范及標(biāo)準(zhǔn)，并擴展分析工具對不同數(shù)據(jù)類型的兼容，形成即可獨立分析的管道，又可組裝至自動化系統(tǒng)的分析流程；此外，需建立普遍適用且可定期更新的參考數(shù)據(jù)庫并建立版本控制。?在對大規(guī)模數(shù)據(jù)分析時，需配備對應(yīng)的網(wǎng)絡(luò)傳輸工具以及數(shù)據(jù)管理架構(gòu)，形成有效的協(xié)作空間。

5.臨床 NGS 數(shù)據(jù)解讀和遺傳咨詢常規(guī)化

臨床 NGS 的數(shù)據(jù)解讀是生物信息工程師與醫(yī)生和患者之間的橋梁，是向患者就特定疾病的病因、遺傳方式、診斷、治療、預(yù)后、復(fù)發(fā)風(fēng)險和后代生育健康等問題給予答復(fù)的服務(wù)，是向咨詢者提供做決定所需的關(guān)鍵信息。
共識 5
臨床 NGS 檢測前/檢測后的遺傳咨詢是有效利用 NGS 數(shù)據(jù)并服務(wù)患者的必要環(huán)節(jié)。我國需要盡快健全遺傳咨詢師的培養(yǎng)、培訓(xùn)和認(rèn)證體系，將臨床 NGS 納入醫(yī)院信息系統(tǒng)，鼓勵醫(yī)院設(shè)置遺傳咨詢師崗位，發(fā)揮遺傳咨詢師在科室團隊中的作用。同時，促進(jìn)遺傳咨詢遠(yuǎn)程會診平臺的建設(shè)，推動開發(fā)權(quán)威的標(biāo)準(zhǔn)化在線決策支持平臺，加強報告解讀過程的自動化。對于部分無需深度遺傳咨詢的疾病檢測，可建立自動化報告系統(tǒng)產(chǎn)品來輔助醫(yī)生提高效率。

6.整合臨床 NGS 結(jié)果和表型信息至醫(yī)療信息化系統(tǒng)

臨床 NGS 結(jié)果是患者的個人信息，也是群體公共衛(wèi)生的參考信息，將臨床 NGS 結(jié)果、患者表型信息（基于人體表型本體數(shù)據(jù)庫）與醫(yī)院信息系統(tǒng)（HIS）、電子健康記錄 (EHR) 等進(jìn)行結(jié)構(gòu)化整合，未來，進(jìn)一步將臨床診療數(shù)據(jù)、病理數(shù)據(jù)、檢驗數(shù)據(jù)、分子檢測數(shù)據(jù)、表型數(shù)據(jù)和隨訪數(shù)據(jù)有機融合，可充分地利用醫(yī)療大數(shù)據(jù)進(jìn)行基礎(chǔ)研究和臨床診療，讓患者享受大數(shù)據(jù)時代帶來的巨大獲益，有助于遺傳咨詢體系的完善和個人醫(yī)療數(shù)據(jù)的保存，為患者及家屬提供更為全面的個體化診療支持和遺傳信息。
共識 6
將臨床 NGS 報告通過數(shù)字化平臺分發(fā)，可提高診療協(xié)作效率，有利于數(shù)據(jù)報告的迭代優(yōu)化，未來可輔以數(shù)據(jù)可視化及數(shù)據(jù)管理等功能；將臨床 NGS 結(jié)果與 HIS 、EHR 有機融合，提高診斷效率，提高臨床科研便捷性，有助于遺傳咨詢體系的完善和個人及群體遺傳資源的保護，從長遠(yuǎn)角度將更有利于推動建立真正的數(shù)字化醫(yī)療健康基礎(chǔ)設(shè)施。

7.LDT 和 IVD 并存發(fā)展

IVD 的顯著特點是產(chǎn)品標(biāo)準(zhǔn)化及配備規(guī)范化，在不同醫(yī)院之間對檢測結(jié)果的一致性容易判定。由于近千萬元級別的研發(fā)成本和較長研發(fā)周期的壓力，IVD 方式更適合于中大規(guī)模的 NGS 技術(shù)轉(zhuǎn)化及臨床應(yīng)用。LDT 雖然開發(fā)過程更為靈活，但相比 IVD 項目申報需要更長時間和更多資源，如在政策指南的規(guī)范下，LDT 可以迅速將科學(xué)成果轉(zhuǎn)化成臨床應(yīng)用。

共識 7
IVD 和 LDT 是未來臨床 NGS 服務(wù)并存的兩種方式，建議出臺政策鼓勵和加速不同病種的 IVD 產(chǎn)品研發(fā)；建議加速出臺促進(jìn) LDT 的政策、規(guī)范及行業(yè)指南，鼓勵基于 NGS 的創(chuàng)新應(yīng)用，推動更多有效的 NGS 技術(shù)普及臨床，服務(wù)大眾。

8.降低和分?jǐn)?NGS 成本，加速進(jìn)入醫(yī)保

除技術(shù)優(yōu)化外，建議將新型分子靶向藥物的開發(fā)與臨床 NGS 相結(jié)合，這將有效擴大臨床 NGS 應(yīng)用的患者數(shù)量，形成成本分?jǐn)?，患者和醫(yī)保的壓力降低的有利局面。?除醫(yī)保外，還建議將 NGS 技術(shù)相關(guān)臨床檢測納入商業(yè)保險范疇或者開放商業(yè)保險與 NGS 的產(chǎn)品合作，共同解決存在的壁壘，如對重疾險患者的疾病風(fēng)險評估、住院患者商業(yè)保險報銷界定等，可有效分擔(dān)醫(yī)保壓力。
共識 8
降低成本是關(guān)鍵。建議通過提升測序技術(shù)和優(yōu)化檢測流程實現(xiàn)降低 NGS 的應(yīng)用成本；與此同時，促進(jìn) NGS 進(jìn)入醫(yī)保，以及推動社保和商業(yè)保險參與，鼓勵新藥研發(fā)與臨床診療結(jié)合，拓展分?jǐn)?NGS 成本的途徑。

9.加強醫(yī)患培訓(xùn)和 NGS 科普教育

NGS 作為新興技術(shù)，對于醫(yī)患均有一定的認(rèn)知難度。因此，需要通過加強臨床醫(yī)生和醫(yī)生助理的系列性專業(yè)培訓(xùn)，有效提高其對先進(jìn)產(chǎn)品的認(rèn)識理解和鑒別能力，有效提高臨床 NGS 技術(shù)的利用效率。?建議通過制定相關(guān)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)和專家共識，為臨床合理選擇 NGS 技術(shù)及產(chǎn)品提供可靠且權(quán)威的依據(jù)。
共識 9
加強宣教是基礎(chǔ)。推進(jìn)臨床 NGS 的常規(guī)化，應(yīng)將加強開展專業(yè)技術(shù)人員培訓(xùn)以及對患者及家屬進(jìn)行科普教育作為基礎(chǔ)。同時，加強相關(guān)人員對臨床 NGS 結(jié)果和規(guī)范的理解和使用，這有助于緩解當(dāng)前專業(yè)人員極度匱乏的現(xiàn)狀。

10.建立數(shù)據(jù)安全管理和利用的規(guī)范

建議在數(shù)據(jù)安全和隱私保護的基礎(chǔ)上建立對數(shù)據(jù)進(jìn)行合規(guī)利用的途徑，當(dāng)然其核心還是應(yīng)落在建立相關(guān)操作規(guī)范和加強應(yīng)用試點，并在技術(shù)層面建立數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)化的系統(tǒng)及平臺，在宏觀層面建立數(shù)據(jù)應(yīng)用渠道的指導(dǎo)和監(jiān)管。
共識 10
加強保護促進(jìn)利用。加強人類遺傳資源的管理是保障臨床 NGS 數(shù)據(jù)安全及合規(guī)利用的基礎(chǔ)，需為此建立數(shù)據(jù)合規(guī)轉(zhuǎn)化的系統(tǒng)及平臺，并加以規(guī)范和試點。使相關(guān)人群的重要且敏感的基因信息以及臨床診療信息得以體系化管理和保護；與此同時，臨床 NGS 數(shù)據(jù)有效且合規(guī)地利用對于科技突破、產(chǎn)業(yè)發(fā)展和臨床服務(wù)具有戰(zhàn)略價值。

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杰毅生物完成數(shù)億元 C+輪融資，加速領(lǐng)跑病原微生物精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)賽道

/分類 /撰自

近日，感染病原分子診斷技術(shù)創(chuàng)新引領(lǐng)者杭州杰毅生物技術(shù)有限公司（以下簡稱 “杰毅生物”）完成數(shù)億元人民幣 C+輪融資，加速領(lǐng)跑病原微生物精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)賽道。本輪投資方為昆泰基金、余杭國投集團及其他產(chǎn)業(yè)投資者等。本輪融資將用于產(chǎn)品管線的研發(fā)，醫(yī)療器械產(chǎn)品的注冊以及商業(yè)化應(yīng)用戰(zhàn)略落地。

在全球氣候變化、城市化、人口老齡化、人口快速流動等多方面因素影響下，后疫情時代新發(fā)突發(fā)病原體不斷涌現(xiàn)，抗生素不合理使用問題日益嚴(yán)重，由病原微生物引起的傳感染病已成為全球最為嚴(yán)峻的公共衛(wèi)生威脅，同時也對社會及經(jīng)濟發(fā)展帶來重大影響。過去五年實踐證明，以基因測序為代表的新一代分子診斷技術(shù)在檢測全面性、靈敏度、特異性、時效性等方面具有顯著優(yōu)勢 ，打破了傳統(tǒng)微生物檢驗的局限性和技術(shù)短板，不僅能對新發(fā)突發(fā)傳染病進(jìn)行監(jiān)測，更能滿足人民群眾對健康的需求，有力地推動全球的感染性疾病診療邁入精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)新時代。

作為國內(nèi)感染病原分子診斷技術(shù)創(chuàng)新引領(lǐng)者，杰毅生物自 2019 年成立以來一直秉持 “創(chuàng)新檢驗未來” 的使命和 “讓每位感染患者第一時間得到精準(zhǔn)診療” 的愿景目標(biāo)，基于高通量測序（NGS）和基因編輯（CRISPR/Cas）兩大前沿技術(shù)路線，自主研發(fā)了全球領(lǐng)先的一系列自動化檢測儀器、診斷試劑和生物信息學(xué)分析平臺并獲得了多項醫(yī)療器械產(chǎn)品注冊證，構(gòu)建起了覆蓋危重癥及疑難復(fù)雜感染、中度感染和普通感染等全場景化的創(chuàng)新分子診斷整體解決方案。

2020 年以來，杰毅生物在國內(nèi)首推的一站式全自動化 mNGS 產(chǎn)品解決方案，至今已有近百套產(chǎn)品在國家及各級地方疾控中心投入使用，并開始將病原 NGS 技術(shù)的應(yīng)用場景由第三方實驗室?guī)У结t(yī)院，使病原 NGS 檢測與患者 “零” 距離。依托自動化的精準(zhǔn)檢測產(chǎn)品和嚴(yán)格的質(zhì)量管理體系，杰毅生物連續(xù)多年以優(yōu)異成績通過國家衛(wèi)生健康委臨床檢驗中心發(fā)起的宏基因組高通量測序等多項室間質(zhì)量評價。公司研究成果豐碩，至今已發(fā)表高分 SCI 文章近 30 篇，申請發(fā)明專利 19 項，已獲專利授權(quán) 35 項，軟著近 10 項。

目前，杰毅生物已被評定為國家級專精特新 “小巨人” 企業(yè)、國家高新技術(shù)企業(yè)、杭州市余杭區(qū)準(zhǔn)獨角獸企業(yè)，浙江省級高新技術(shù)企業(yè)研發(fā)中心，入選畢馬威中國 “生物科技創(chuàng)新 50 企業(yè)”，CB insights“中國最具前景的分子診斷公司” 等。

杰毅生物創(chuàng)始人、CEO 王珺博士表示，非常榮幸得到本輪投資機構(gòu)的認(rèn)可和信任。公司成立至今五年，我們始終堅守初心，堅持自主研發(fā)，聚焦客戶的壓力和挑戰(zhàn)。無論外部宏觀環(huán)境如何變化，一直致力于用創(chuàng)新技術(shù)和產(chǎn)品讓感染疾病診斷更精準(zhǔn)、更快速、更智能。接下來，我們將進(jìn)一步加快產(chǎn)品管線的研發(fā)速度，縮短報證周期，讓感染患者第一時間得到精準(zhǔn)診療。

余杭國投集團副董事長、總經(jīng)理陳國建先生表示，感染病精準(zhǔn)診療是醫(yī)學(xué)發(fā)展的大勢所趨，生物醫(yī)藥是余杭區(qū)聚力打造的五大生態(tài)產(chǎn)業(yè)圈之一。在過去短短幾年，我們見證了杰毅生物從一家初創(chuàng)公司快速發(fā)展成為國家級 “專精特新” 小巨人企業(yè)，在優(yōu)秀的管理團隊帶領(lǐng)下用自主研發(fā)的創(chuàng)新技術(shù)和產(chǎn)品有力地推動行業(yè)變革。我們對杰毅生物未來發(fā)展充滿信心，全力支持公司的高質(zhì)量發(fā)展，去引領(lǐng)行業(yè)，為社會創(chuàng)造更大價值。

昆泰基金總經(jīng)理喬云生先生表示，在后疫情時代，感染精準(zhǔn)診療的痛點愈發(fā)凸顯，市場發(fā)展空間廣闊。杰毅生物作為感染精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)的先行者，勇于開拓創(chuàng)新，至今已建立了卓越的多元化產(chǎn)品解決方案，一直推動著行業(yè)的發(fā)展。我們十分認(rèn)可杰毅在行業(yè)的領(lǐng)先地位，將全力支持公司的產(chǎn)品研發(fā)和生產(chǎn)，希望助推公司在下一個階段的加速發(fā)展。

關(guān)于杰毅生物

杭州杰毅生物技術(shù)有限公司是一家專注于感染性疾病分子診斷的國家級專精特新 “小巨人” 企業(yè)。由原貝瑞基因（SZ:000710）創(chuàng)始團隊成員王珺博士和原迪安診斷（SZ:300244）戰(zhàn)略投資板塊負(fù)責(zé)人、浙江大健康產(chǎn)業(yè)基金合伙人鐘杰先生等共同發(fā)起成立，其以高通量測序（NGS）和基因編輯（CRISPR/Cas）為技術(shù)平臺，將基因檢測、大數(shù)據(jù)分析和人工智能等前沿技術(shù)融合創(chuàng)新，致力于為新發(fā)突發(fā)傳染病監(jiān)測和各類感染性疾病精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)提供全場景化的創(chuàng)新分子診斷整體解決方案。

關(guān)于余杭國投集團

余杭國投集團成立于 2022 年 10 月，注冊資本 100 億元人民幣，2022 年底總資產(chǎn) 880.05 億元。集團主要以資本運作為核心主業(yè)，重點圍繞 “資本運作+金融服務(wù)+人才服務(wù)+數(shù)字信息+資產(chǎn)運營” 五大產(chǎn)業(yè)集群，通過市場化運作，提升產(chǎn)業(yè)培育的引領(lǐng)能力、提高國有資本配置和運營效率、打造高端人才服務(wù)平臺、數(shù)字信息服務(wù)平臺，做大做強國有資本。集團政府產(chǎn)業(yè)基金總規(guī)模 98 億元，子基金總規(guī)模達(dá) 545.5 億元，累計投資項目 806 個，投資總額 190.6 億元。

關(guān)于昆泰投資

昆泰基金是一家國資控股與市場化團隊相結(jié)合的私募股權(quán)投資機構(gòu)?；鸢凑照龑?dǎo)+市場邏輯+專業(yè)化運作，秉持價值投資、穩(wěn)健投資的原則，以推動科技創(chuàng)新引領(lǐng)、產(chǎn)業(yè)結(jié)構(gòu)升級、實現(xiàn)基金效用最大化為目標(biāo)，重點扶持高端制造業(yè)、三新經(jīng)濟、生物科技、新能源等產(chǎn)業(yè)。

【重磅】中國首部宏基因組高通量測序 LDT 專家共識發(fā)布！

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近日，《病原宏基因組高通量測序臨床本地化檢測規(guī)范專家共識》正式發(fā)表于《中華預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志》。該共識是國內(nèi)首部針對病原宏基因組高通量測序（mNGS）在 LDT 規(guī)范化應(yīng)用的專家共識，由中國藥師協(xié)會中華醫(yī)學(xué)會細(xì)菌感染與耐藥防治分會、國家衛(wèi)生健康委臨床抗微生物藥物敏感性折點研究和標(biāo)準(zhǔn)制定專家委員會共同發(fā)起制定。

應(yīng)時順勢，助推新技術(shù)合理應(yīng)用

實驗室自建檢測（laboratory developed test, LDT）是指實驗室自行研發(fā)、確認(rèn)，僅限于本實驗室使用的檢測技術(shù)。近年來隨著檢測技術(shù)的創(chuàng)新和發(fā)展，一些前沿技術(shù)如基因測序、質(zhì)譜分析和流式細(xì)胞術(shù)等快速從基礎(chǔ)研究向臨床轉(zhuǎn)化，并展現(xiàn)出良好的應(yīng)用前景。個體化醫(yī)療需求的大背景下，新技術(shù)的實驗室自建檢測（LDT）能夠持續(xù)提高臨床診治水平。2022 年以來，北京、上海陸續(xù)發(fā)布了 LDT 試點政策，探索 LDT 具體實施方案。今年廣州市發(fā)展和改革委員會發(fā)布了《廣州促進(jìn)生物醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)高質(zhì)量發(fā)展的若干政策措施（征求意見稿）》鼓勵醫(yī)疔機構(gòu)開展 LDT 試點，加速創(chuàng)新產(chǎn)品或技術(shù)的升級迭代。

在感染性疾病領(lǐng)域，快速準(zhǔn)確地檢測病原體是有效治療和精準(zhǔn)防控感染性疾病的關(guān)鍵環(huán)節(jié)。傳統(tǒng)病原學(xué)檢驗技術(shù)覆蓋的微生物種類少，難以滿足臨床需求。宏基因組高通量測序（mNGS）理論上可同時檢測所有已知基因序列的病原體，在很大程度上提高了臨床疑難危重感染、罕見和新發(fā)病原體感染的診斷水平和救治能力。由于 mNGS 技術(shù)平臺研發(fā)起點高、操作流程復(fù)雜，為了保證該技術(shù)合理應(yīng)用，保障患者醫(yī)療安全，本共識在臨床檢驗、感染、危重癥及體外診斷等領(lǐng)域就 mNGS-LDT 的流程搭建、性能確認(rèn)、質(zhì)量控制、報告審核等方面進(jìn)行研討，達(dá)成共識，提出規(guī)范要求和建議，為 mNGS LDT 的具體實施路徑提供了可參考的方案。

全流程規(guī)范指導(dǎo) 賦能檢驗+臨床

本共識在國家有關(guān) LDT 臨床實驗室落地的政策號召與指導(dǎo)下，綜合了檢驗與臨床兩個不可或缺的 LDT 項目開展的必要因素，真正從實驗室建設(shè)的各個要素系統(tǒng)化描述 mNGS 的 LDT 模式如何在臨床實驗室落地，也是截止目前最全面的從 “人、機、料、法、環(huán)” 維度介紹 mNGS 方法學(xué)建立與應(yīng)用的專家共識，是臨床實驗室開展 mNGS 的實用型指導(dǎo)文件。杭州杰毅生物技術(shù)有限公司對檢測流程，實驗室要求，性能確認(rèn)以及質(zhì)量控制等內(nèi)容提出了專業(yè)建議。

共識內(nèi)容概覽

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共識執(zhí)筆專家

楊啟文（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科）；

馬筱玲（中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科）；

張建中（中國疾病預(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所）；

李軼（河南省人民醫(yī)院檢驗科）；

吳文娟（上海市東方醫(yī)院檢驗科）；

楊繼勇（解放軍總醫(yī)院檢驗科）；

韓東升（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院檢驗科）；

李家斌（安徽醫(yī)科大第一附屬醫(yī)院感染科）；

羅燕萍（解放軍總醫(yī)院檢驗科）；

周華（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院呼吸科）；

谷麗（首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京朝陽醫(yī)院感染科）；

張西京（空軍軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科）；

李敏（上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬仁濟醫(yī)院檢驗科）；

單斌（昆明醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科）；

胡付品（復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院抗生素研究所）；

劉正?。ㄖ袊t(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院感染科）；

周海?。ㄖ袊膊☆A(yù)防控制中心傳染病預(yù)防控制所）

編委會審稿專家

（按姓氏首字母順序排列）：

陳德昌（上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院重癥醫(yī)學(xué)科）；

馮四洲（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院血液病醫(yī)院血液科）；

顧兵（廣東省人民醫(yī)院檢驗科）；

胡繼紅（國家衛(wèi)生健康委員會臨床檢驗中心）；

劉曉琳（國家衛(wèi)生健康委員會合理用藥專家委員會）；

孫自鏞（華中科技大學(xué)附屬同濟醫(yī)院檢驗科）；

施毅（南京大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬金陵醫(yī)院呼吸科）；

王明貴（復(fù)旦大學(xué)附屬華山醫(yī)院抗生素研究所）；

王佳偉（首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京同仁醫(yī)院神經(jīng)內(nèi)科）；

徐英春（中國醫(yī)學(xué)科學(xué)院北京協(xié)和醫(yī)院檢驗科）；

肖永紅（浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬第一醫(yī)院感染科）；

俞云松（浙江省人民醫(yī)院感染科）；

張耀華（中國藥師協(xié)會）；

鄭磊（南方醫(yī)科大學(xué)南方醫(yī)院檢驗科）；

鄭波（北京大學(xué)第一醫(yī)院感染科）；

卓超（廣州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院感染科）；

周鐵麗（溫州醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院檢驗科）

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